Η Γραμματεία ΑΣΑΕΔ είναι το όργανο που εκτελεί τις αποφάσεις του Συμβουλίου. Υπάγεται στον Υπαρχηγό ΓΕΕΘΑ και έχει έδρα στο Ολυμπιακό Αθλητικό Κέντρο Αθηνών (ΟΑΚΑ). Είναι οργανωμένη σε Τμήματα και στα Αθλητικά Κέντρα των Ενόπλων Δυνάμεων (ΑΚΕΔ) Αθηνών και Θεσσαλονίκης.
Η Γραμματεία ΑΣΑΕΔ αποτελείται από:
- Τον Διευθυντή,
- τους Διοικητές των ΑΚΕΔ Αθηνών και Θεσσαλονίκης,
- τα Τμήματα:
- Διοικήσεως,
- Αθλητισμού,
- Οικονομικού,
- Σχεδιασμού – Έρευνας – Μελετών Αθλητισμού,
- Τύπου και Δημοσίων Σχέσεων
Το προσωπικό της Γραμματείας ΑΣΑΕΔ προέρχεται και από τους τρεις Κλάδους των Ενόπλων Δυνάμεων (ΕΔ), καθώς επίσης και από τα Αρχηγεία των Σωμάτων Ασφαλείας (ΣΑ).
Οι τοποθετήσεις του προσωπικού στη Γραμματεία ΑΣΑΕΔ πραγματοποιούνται από τις αρμόδιες Υπηρεσίες των Γενικών Επιτελείων και των Αρχηγείων των ΣΑ, λαμβάνοντας υπόψη τη γνώση και την ύπαρξη τυπικών και ουσιαστικών προσόντων σχετικά με το αντικείμενο του αθλητισμού.
